Þrjár fisktegundir finnast í Veiðivötnum; urriði (Salmo trutta), bleikja (Salvelinus alpinus) og hornsíli (Gasterosteus aculeatus).
Veiðimálastofnun undir stjórn Magnúsar Jóhannssonar hefur rannsakað fiskinn í Veiðivötnum frá árinu 1985.
Megintilgangurinn hefur verið að fylgjast með ástandi fiskistofnanna með áherslu á nýliðun urriða og ástand og vöxt sleppiseiða og ungfiska.Einnig hefur útbreiðsla og viðgangur bleikju verið athuguð.
Rannsóknirnar eru unnar fyrir Veiðifélag Landmannaafréttar.